最後設定相關格式化條件後即可開始。
- 容量：由該硬碟所能容納的空間自動產生，無法更改。
- 檔案系統：有NTFS及FAT兩種，一般建議使用NTFS，除非欲格式化無法讀取NTFS磁碟分割的舊版Windows系統才選擇FAT。
- 配置單位大小：有16、32、64、512、1024、2048、4096共八種，單位大小越小，格式化的細度越細，不會浪費空間，相反設置的單位越大，可能會減少空間。原理：假若選擇4096(KB)為一個單位，8192KB的檔案就需要讀取兩次才可格式化，但假若該檔案大小為2048KB(不足4096KB)也是以4096為一個單位讀取就容易吃掉剩餘的空間，所以硬碟的空間也就容易遞減。
- 磁碟區標籤：該硬碟名稱。
- 快速格式化：較快速簡略的格式化，不過沒有一般格式化徹底，建議不要勾選。
- 啟用壓縮：壓縮硬碟內的本文類文件與源碼，能節省空間，但壓縮速度較慢，也可能因壓縮而使檔案損壞。
NTFS格式是微軟為硬碟或固態硬碟（SSD）創建的默認新型檔案系統，NTFS的含義是 New Technology File System，它基層了所有檔案系統的優點：日誌功能、無檔大小限制、支援檔案壓縮和長檔名等。而NTFS格式最大的缺點是 Mac系統只能讀取NTFS檔但沒有許可權寫入，需要借助協力廠商工具才能實現。因此跨平臺的功能非常差。但NTFS是採用“日誌式”的檔案系統，會記錄詳細的硬碟讀寫操作，而快閃記憶體儲存晶片讀寫次數是有限的，如果使用“日誌式”檔案系統的話，那就意味著所有對磁片的操作都要記錄日誌。大量的小檔讀寫會對USB隨身碟產生極大的傷害，會大幅度縮短USB隨身碟的壽命。
格式二：FAT32格式
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FAT32格式是一種相對老舊的Windows平臺的檔案格式，任何USB存放裝置都會預裝該檔案系統，平臺上使用Windows 95第二版首次引入，為了取代FAT16(支援檔最大容量2GB)，相容性很好。
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FAT32格式主要的缺陷是只能支援最大單檔大小容量為4GB，由於很多大型遊戲、壓縮包、視頻的檔比較大，FAT32格式是沒有辦法的。
隨著時代的發展，FAT32格式已經落後於時代，能不用就別用。但是，目前格式化U盤的時候，FAT32仍然是默認操作，Windows 10也是如此，更多是出於相容性的保守考慮。
格式三、exFAT格式
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exFAT格式是FAT32檔案格式的替代品，是微軟為快閃記憶體USB隨身碟量身定制的，性能和技術支援很先進，同時針對快閃記憶體優化保護，不會造成多餘的傷害。
它比NTFS簡單，比FAT32支持的單個檔大，最大支持單檔1EB。（1EB=1073741824 GB）非常適合用來存儲大容量檔，還可以在Mac和Windows作業系統上通用。
總結：
USB隨身碟格式首選建議應該為：exFAT>NTFS>FAT32
如果USB隨身碟要製作為電腦開機磁片，可以選FAT32格式，這樣對於引導系統啟動的相容性會好一些。如果是正常使用USB隨身碟，推薦exFAT格式。
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